Flüoressent mikroskop biologiya və tibbdə hüceyrə strukturlarını, mikroorqanizmləri yüksək dəqiqliklə müşahidə etmək üçün istifadə olunur. Nümunələr xüsusi flüoressent boyalarla (flüoroforlarla) işıqlandırılır və mikroskop onları xüsusi işıq dalğaları ilə şüalandıraraq parlaq görüntülər yaradır.